Uma característica marcante em todo o Município, inclusive o distrito de Parapeúna, é o excelente clima do tipo tropical de altitude com temperaturas amenas, e muito saudável devido à baixa umidade relativa do ar. Parapeuna apresenta estações climáticas bem definidas: uma de maior precipitação pluviométrica, e outra de estiagem. A estação das águas ocorre nos meses mais quentes, de dezembro a fevereiro, quando a temperatura média é de 26ºC. Nos meses mais frios, de junho a agosto, época da estiagem, a temperatura média é de 15ºC.